Lo pones complicado
Por lo que veo tienes una alperca simplemente para recoger agua de lluvia y regar con ella, supongo que el agua esta estancada, sin recirculación. Si no hay recirculación y por lo tanto poca oxigenación, plantar o poner peces no funcionará, a no ser que se hagan continuos cambios de agua, cosa que no es viable.
Si pones peces pero no pones plantas, tampoco funcionará, el agua se ensuciará cada vez más y los peces morirán.
Sobre lo de las plantas a 5m de profundidad no creo que haya problema. Si el fondo es de cemento se tendrian que plantar en macetas o jardineras y siempre se podrían elevar con algun tipo de soporte.
Has pensado en taparlo? 360 m2 de superficie será costoso pero efectivo.
Yo creo que es la solución más sencilla, claro que lo suyo sería crear un ecosistema: plantas, peces, anfibios, insectos depredadores y agua abonada para riego, con microorganismos benéficos...